Renaissance Bifidobacterium longum Bacteremia chez les nourrissons prématurés recevant des probiotiques

Bifidobacterium longum Bacteremia chez les nourrissons prématurés recevant des probiotiques

Dans notre hôpital, nous avons documenté des cas de bactériémie à Bifidobacterium longum subspecies infantis chez des nouveau-nés recevant des probiotiques. Par génomique comparative, nous avons confirmé que les souches isolées de chaque patient provenaient de patients atteints de nécrose. des probiotiques

probiotiques, Bifidobacterium, séquence génomique, nouveau-né, septicémie La supplémentation rénale de nouveau-nés prématurés avec probiotiques a été associée à une réduction significative de l’entérocolite nécrosante NEC et de la mortalité toutes causes confondues. De plus en plus, d’autres espèces de Bifidobacterium ont été documentées comme agents de la bactériémie , bien que généralement chez les patients avec une maladie sous-jacente significative, comme la neutropénie. de la bactériémie à B infantis chez les grands prématurés recevant des probiotiques et comparaison du génome des deux souches récupérées à partir de cultures sanguines avec des souches récupérées à partir de préparations commerciales de probiotiques

LES RAPPORTS DE CAS

Cas

Un bébé était né à / semaines de gestation par accouchement vaginal spontané suite à une rupture prématurée des membranes. Le poids g était né sous perfusion nasale continue avec un maximum de% d’oxygène. Un canal artériel persistant était fermé par traitement à l’indométhacine. Le premier jour de vie DOL avec le lait de sa mère L’amoxicilline et la gentamicine ont été commencées à la naissance et interrompues au DOL en raison d’une hémoculture négative Infloran Lactobacillus acidophilus × unités formant des colonies [CFU] et B infantis × CFU deux fois par jour DOL à DOL Sur DOL, elle a développé des symptômes évocateurs de septicémie avec tachycardie, désaturation et iléus. Une numération globulaire complète a révélé une leucocytose × / L avec un décalage gauche. Les radiographies abdominales étaient non spécifiques avec des boucles intestinales modérément dilatées. Le patient a été traité par ceftazidime et vancomycine. jours pour une septicémie suspecte liée à une ligne veineuse centrale deuxième épisode d’intolérance alimentaire et de distension intestinale, elle a reçu une cure d’imipénème à partir de DOL La culture anaérobie sanguine prélevée sur DOL est revenue positive pour B infantis L’état clinique s’est amélioré pendant des semaines avant un troisième épisode d’iléus avec obstruction de l’intestin grêle Une laparotomie réalisée sur DOL a révélé une invagination iléo-iléienne nécessitant une résection de cm de l’iléon et une anastomose primaire L’histopathologie a confirmé le diagnostic d’intussusception avec nécrose intestinale Le patient a récupéré postopératoire et a été renvoyé chez lui à un âge postmenstruel de / semaines

Cas

Un nourrisson est né à / semaines de gestation par césarienne pour un travail spontané suite à une grossesse gémellaire dizygotique. Poids à la naissance g Il a besoin d’une pression nasale positive continue avec% oxygène L’alimentation entérale a été initiée sur DOL avec le lait maternel Amoxicilline et gentamicine Infloran a été administré par voie entérale de DOL à DOL Elle a présenté sur DOL une distension abdominale, une sensibilité, un iléus, et une détérioration clinique rapide avec hypotension, acidose lactique, thrombocytopénie et coagulopathie nécessitant une intubation et des multiples. transfusions de plasma, de plaquettes et de sang frais congelés Une numération globulaire complète a révélé une leucopénie × / L avec un décalage vers la gauche, et une protéine C-réactive augmentée à mg / L. La présentation clinique et les preuves radiologiques de pneumatose intestinale et de avec NEC stade III selon les critères de Bell Le traitement par DOL était positif pour B infantis L’alimentation entérale a été réintroduite chez DOL En raison d’une intolérance alimentaire persistante, une laparotomie a été réalisée sur DOL, qui a révélé une nécrose intestinale et une perforation jéjunale nécessitant une résection de cm de l’intestin grêle et une anastomose primaire Le patient a récupéré de la chirurgie et a été renvoyé chez lui à un âge post-menstruel de / semaines

GÉNOMIQUE BACTÉRIENNE

Huit souches bactériennes ont été séquencées pour confirmer que les souches de B infantis causant une bactériémie chez ces nouveau-nés provenaient des capsules d’Infloran et pour étudier la survenue de mutations qui auraient pu déclencher une virulence accrue. Les souches Two B infantis ont été isolées des hémocultures, et les souches ont été récupérées directement à partir des capsules d’Infloran Figure A

Figure View largeTélécharger la diapositive des événements et la phylogénie A, Chronologie des événements pour les cas cliniques et la récupération des souches L’information clinique est montrée en noir Les souches extraites de la culture sanguine sont montrées en violet. BIC a été retrouvé de l’hémoculture dans la souche BIC a été retrouvé dans le sang La culture du cas dans les souches extraites des capsules Infloran du CHU de Lausanne est montrée en vert. La souche BIC a été isolée par culture d’une capsule d’Infloran dans et n’a aucun rapport avec l’un des cas mentionnés précédemment Les souches BICa et BICb ont été cultivées à partir de colonies isolées une seule capsule d’Infloran récupérée dans notre établissement à, au moment du cas de bactériémie La capsule appartient probablement au même lot que les capsules d’Infloran administrées au cas, même si le numéro de lot de la capsule administrée au patient n’a pas été enregistré. capsules obtenues auprès de l’unité de soins intensifs néonatals de l’Université Charité Ho L’hôpital Berlin Charité ne revendique aucun cas de bactériémie due à B infantis BIBa et BIBb sont des colonies cultivées à partir de la même capsule d’Infloran B, parenté phylogénétique de souches de Bifidobacterium longum. l’arbre phylogénétique de toutes les souches de B longum disponibles comme séquences génomiques complètes dans les bases de données publiques ainsi que les souches étudiées dans cette étude. L’arbre a été déduit en utilisant le maximum de vraisemblance dans le logiciel kSNP Similaire à A, les souches récupérées violet, et les souches extraites des capsules Infloran sont montrées en vert Capsules de l’hôpital universitaire Charité Berlin sont affichées en brun Le support est montré à côté de chaque nœudFigure Vue largeTélécharger la diapositive des événements et phylogénie A, Chronologie des événements cliniques et recherche de souches Clinical l’information est montrée dans le noir Les contraintes récupérées de la culture de sang sont montrées dans purpl La souche BIC a été récupérée de l’hémoculture de la souche BIC a été retrouvée dans l’hémoculture de souches de souches extraites des capsules Infloran de l’hôpital universitaire de Lausanne sont montrées en vert. La souche BIC a été isolée par culture d’une capsule Infloran dans et non reliée à l’un des cas mentionnés précédemment, les souches BICa et BICb ont été cultivées à partir de colonies isolées d’une seule capsule d’Infloran récupérée dans notre établissement au moment du bactériémie. La capsule appartient probablement au même lot que les capsules d’Infloran administrées au cas, même bien que le numéro de lot de la capsule administrée au patient n’ait pas été enregistré. Les souches cultivées à partir des capsules Infloran obtenues de l’unité de soins intensifs néonataux du CHU de Charité sont représentées en BIBB, BIBa et BIBb. de bactériémie due à B infantis BIBa et BIBb sont des colonies cultivées à partir de la même capsule d’Infloran B, P Relation hylogénétique des souches de Bifidobacterium longum Cette figure représente l’arbre phylogénétique de toutes les souches de B longum disponibles comme séquences génomiques complètes dans les bases de données publiques ainsi que les souches étudiées dans cette étude. L’arbre a été déduit en utilisant le maximum de vraisemblance. , les souches extraites de la culture sanguine sont indiquées en violet, et les souches extraites des capsules Infloran sont montrées en vert Les capsules du Charité University Hospital Berlin sont affichées en marron Le support est indiqué à côté de chaque noeudL’identité nucléotidique moyenne confirme que toutes les souches appartiennent à l’espèce B longum subspecies infantis Tableau supplémentaire Toutes les souches étaient très similaires et aucune région n’était trouvée uniquement dans les souches bactériémiques BIC et BIC comparées aux souches extraites des capsules Infloran La plupart des différences observées entre les séquences génomiques étaient apparemment dues au logiciel d’assemblage qui arrête contigs allongés à slig Pour confirmer la clonalité des souches de patients et des souches probiotiques, une analyse des SNP polymorphismes mononucléotidiques a été réalisée en utilisant le logiciel kSNP V sur tous les génomes complets de B longum disponibles dans les bases de données publiques ainsi que sur les génomes de toutes les souches séquencées. Dans la présente étude, le SNP de la figure B appelant en cartographiant les lectures de chaque souche contre la souche BIC identifiées entre et SNP Figure A et Tableau supplémentaire Bien que l’on aurait pu s’attendre à des souches récupérées de la même capsule BICa et BICb, BIBa et BIBb seraient plus similaires, aucun SNP commun n’a été trouvé entre ces paires de génomes. En outre, dans des cas, des SNP communs ont été trouvés entre une souche de capsule et une souche de patient. Les souches BIC de cas et BIC de cas présentés et uniques SNP, respectivement, tout SNP dans la table supplémentaire commune

DISCUSSION

Parmi les & gt; nouveau-nés prématurés qui ont été inclus dans les essais de prophylaxie probiotiques, aucun cas de septicémie associée aux probiotiques n’a été signalé Une revue récente de la littérature a identifié des cas de bactériémies associées aux probiotiques chez les nouveau-nés prématurés L’incidence réelle pourrait toutefois être sous-estimée, car les hémorragies anaérobies ne sont pas toujours observées chez les nouveau-nés suspects d’infection. De plus, comme le soulignent Tena et al., d’autres sources peuvent indiquer que Bifidobacterium peut On oublie souvent qu’ils sont généralement considérés comme des bactéries non pathogènes En effet, ces bâtonnets non sporulants gram-positifs anaérobies font partie de la flore physiologique orale, vaginale et intestinale Chez notre premier patient, l’intussusception a été diagnostiquée des semaines après l’épisode de Bifidobacterium sepsis Parce que l’intussusception est extrêmement rare chez les nouveau-nés prématurés et présente des symptômes non spécifiques ms qui conduit souvent à un diagnostic différé , nous ne pouvons pas confirmer ou réfuter une relation causale entre Bifidobacterium sepsis et intussusception Le second patient était atteint de NEC avancée, qui ne pouvait pas être prévenue par l’administration de probiotiques Nous supposons que la présence de Bifidobacterium Cependant, la translocation de Bifidobacterium pourrait avoir un impact sur la nécrose intestinale et l’inflammation systémique chez les nouveau-nés prématurés qui développent une NEC malgré un traitement probiotique nocturne. Le petit nombre de SNP identifiés entre les deux souches isolées l’hémoculture et toutes les souches récupérées des probiotiques suggèrent que les souches impliquées dans la bactériémie provenaient de probiotiques. De plus, le profil des SNP observé indique que les capsules probiotiques contiennent des populations mixtes mais stables de souches B longum appartenant toutes à la sous-espèce infantis, mais peu exposées. mutations dans le La culture bactérienne a été minimisée en un seul passage pour la sélection des clones suivie d’une seconde culture pour obtenir suffisamment d’ADN pour analyse ultérieure. L’occurrence de mutation en culture au laboratoire de diagnostic bactériologique devrait donc être insignifiante et le variant ne devrait pas avoir été fixé. population bactérienne Les souches responsables de la bactériémie ne partagent pas un SNP particulier, mais chaque souche présente des SNP uniques. A notre connaissance, ces mutations sont apparues dans diverses protéines non liées à une virulence accrue, mutations observées dans le composant virB de la voie sécrétoire de type IV. , dans un régulateur transcriptionnel, ou dans une protéine hypothétique pourrait avoir fourni une virulence accrue à la bactérie

CONCLUSIONS

Nous avons identifié des cas de bactériémie chez les grands prématurés résultant vraisemblablement de l’administration de probiotiques. Ainsi, la sécurité de l’utilisation clinique des probiotiques est mise en doute dans cette population. Les futurs essais cliniques devraient inclure la surveillance des hémocultures visant à détecter les bactéries anaérobies et à long terme. suivi des nourrissons avec une bactériémie associée aux probiotiques Ce travail souligne également l’utilité du séquençage rapide du génome bactérien pour explorer la parenté de différentes souches, dans de tels contextes, avec une résolution bien meilleure que le typage multilocus ou l’électrophorèse sur gel en champ pulsé

Données supplémentaires

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Remarques

Remerciements Nous remercions S Aeby pour son aide technique. Soutien financier Ce travail a été soutenu par une subvention de contrepartie accordée à GG par la Direction Générale du CHU de Lausanne et par le Département des Laboratoires, soutenant un projet institutionnel de génomique d’importance médicale. Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit d’intérêt potentielTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués